Plate-forme protéomique CellCartaMD
La plate-forme protéomique CellCartaMD de Caprion est un outil de premier plan en matière de profilage des protéines dans les tissus solides et le plasma. Il s’agit d’une technologie protéomique de pointe exclusive qui sert de moteur à la fois pour l’identification de cibles de la maladie et pour la médecine prédictive. Échelonnable, cette plate-forme offre une sensibilité et une utilité sans précédent. Elle a permis de conclure avec succès de multiples partenariats dans le domaine de l’identification de cibles oncologiques et de la découverte clinique de biomarqueurs, lesquels ont non seulement validé la plate-forme, mais aussi généré des revenus.
Avantages concurrentiels de la plate-forme CellCartaMD :
- Permet de dresser des profils reproductibles, exhaustifs et quantitatifs de l’expression des protéines contenues dans les tissus et le plasma pour de vastes échantillons;
- Permet une détection plus complète des cibles protéiques liées à la maladie et des biomarqueurs à l’intérieur d’une plage dynamique de concentrations plus vaste;
- Procure un ensemble complet d’outils de vérification rétrospective ainsi que d’analyse et de validation de données.
L’infrastructure de Caprion, sa capacité et ses processus de niveau industriel permettent le traitement en parallèle de multiples projets de découverte dans un contexte rigoureux de contrôle et d’assurance qualité qui garantit la livraison en temps opportun de résultats de qualité pour les programmes internes de l’entreprise et pour ses partenaires.
Le processus de découverte CellCartaMD
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IDENTIFICATION PROTÉINE/CIBLE |
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Préparation et purification de l’échantillon
Caprion a développé une expertise poussée en biologie cellulaire et moléculaire, notamment en ce qui concerne l’analyse de phénotypes cellulaires, le mouvement intracellulaire des protéines et l’isolement de préparations d’organelles infracellulaires à des niveaux élevés de pureté. L’entreprise a mis au point de nouvelles méthodes pour isoler les organelles comme la membrane plasmatique, les phagosomes et la membrane de Golgi à un niveau de pureté sans précédent, et possède de nombreuses années d’expérience avec les approches courantes d’isolement d’autres organelles comme la mitochondrie, le réticulum endoplasmique et les membranes nucléaires. En enrichissant la banque de ces compartiments, Caprion rend possible des comparaisons protéomiques plus détaillées entre les cellules saines et les cellules malades, tout en procurant ainsi un contexte biologique et fonctionnel pour l'identification de cibles protéiques pertinentes de grande valeur.
Caprion possède des suites de culture tissulaire complètes et un personnel de recherche très expérimenté en matière de traitement des tissus ex vivo, de propagation des lignées cellulaires et de transfection de gènes exogènes dans les cellules cultivées. Caprion a aussi mis en place des méthodes automatisées normalisées pour la déplétion des protéines les plus abondantes dans le plasma et d’autres fluides accessibles, selon une technique reproductible à haut débit. Les échantillons sont manipulés selon une « chaîne de possession » conforme à des règles strictes et normalisées de contrôle et d’assurance qualité qui comprend un SGIL avec codage par code à barres et un traitement fondé sur des modes opératoires normalisés. Les échantillons sont digérés en fragments triptyques et fractionnés par échange de cations forts (SCX) afin d’obtenir une analyse plus détaillée.
Analyse spectrométrique de masse
Caprion possède une installation de spectrométrie de masse ultramoderne, automatisée et de capacité industrielle composée de 11 appareils CPL-SM et CPL-SM-SM qui fonctionnent dans un environnement de production à haut débit et pouvant traiter de 150 à 250 échantillons biologiques (jusqu’à 2 000 injections CPL-SM) par semaine. L’installation a été construite sur mesure afin de maximiser le rendement et l’efficacité des analyses portant sur le profilage de l’expression des protéines. Elle possède des caractéristiques structurales particulières, dont des dalles en béton renforcées et isolées sur lesquelles reposent les spectromètres de masse et des appareils de chauffage, ventilation et climatisation (CVC) microréglés qui séparent les bureaux et les laboratoires, ainsi que les laboratoires entre eux.
L’installation de SM de Caprion offre d’autres caractéristiques clés, dont une grande exactitude (11 ppm après la correction de masse) et une reproductibilité élevée du temps de rétention de CPL (+/-10 secondes après normalisation) des appareils CPL-SM. L’analyse spectrométrique de masse des échantillons d’un projet donné comprend deux phases, soit une phase d’analyse initiale en mode CPL-SM pour la détection des ions peptides exprimés différemment qui sont contenus dans les échantillons ainsi qu’une ré-injection subséquente des mêmes échantillons en mode CPL-SM-SM dans le but d’obtenir de l’information sur la séquence de ces peptides qui sont exprimés différemment.
Profilage quantitatif de l’expression des peptides
Caprion a mis au point une suite exclusive d’outils d’analyse capable de transformer les données CPL-SM et CPL-SM-SM brutes en renseignements fiables et utilisables sur l’expression des protéines. Le logiciel d’analyse protéomique intégrée de Caprion est capable de détecter plus de 25 000 peptides par échantillon, de suivre de façon reproductible ces peptides dans de vastes groupes d’échantillons et de mesurer leurs niveaux relatifs d’expression avec une grande exactitude.
Analyse bioinformatique
La suite logicielle intégrée CellCartaMD d’analyse de données protéomiques combine des fonctions d’analyse, de gestion, de stockage et d’interface en une seule unité centrale facile d’accès. Le développement de la suite logicielle intégrée CellCartaMD, qui comprend plus de 30 outils et services logiciels de bioinformatique exclusifs mis au point à l’interne pour la protéomique, a vu le jour en 2000 et est le fruit des efforts combinés de Caprion, SUN, Oracle et CGI. La plate-forme logicielle et informatique est en exploitation depuis 2002 et la 3e et plus récente version a été lancée en décembre 2004. Son développement et sa mise en œuvre ont, jusqu’à ce jour, nécessité l’affectation de plus de 120 années-personnes par Caprion. La plate-forme soutient actuellement le fonctionnement continu et la production de données de plus de 11 appareils de SM ainsi qu’une base de données contenant plus de 100 millions d’entrées et plus de 10 téraoctets de fichiers de données. La plate-forme a également été conçue de façon à ce qu’elle soit entièrement échelonnable et transportable.